Merge pull request 'main > devel' (#2) from main into devel

Reviewed-on: #2
This commit was merged in pull request #2.
This commit is contained in:
2026-06-23 13:49:22 +03:00
23 changed files with 792 additions and 306 deletions

View File

@@ -4,7 +4,6 @@ source("renv/activate.R")
(function() {
paths <- c(
"R_CONFIG_ACTIVE",
"AUTH_DB_KEY"
)
@@ -18,3 +17,28 @@ source("renv/activate.R")
))
}
})()
(function() {
if (Sys.getenv("R_CONFIG_ACTIVE") == "") {
Sys.setenv(R_CONFIG_ACTIVE = "prod")
cli::cli_inform(c(
"i" = "Не указана конфигурация по умолчанию, автоматически установлен 'prod'. Для изменения конфигурации добавьте в {.file .Renviron}:"
))
cli::cli_code(paste0("R_CONFIG_ACTIVE", "="))
}
Sys.setenv(R_CONFIG_FILE = "config/config.yml")
})()
# при первом запуске скопировать пример конфига
(function() {
if (!file.exists("config/config.yml")) {
file.copy("config/config_example.yml", "config/config.yml")
}
})()

4
.gitignore vendored
View File

@@ -1,8 +1,10 @@
/renv
/temp
/_devel
/all_bases
config/config.yml
scheme.rds
.Renviron
.DS_Store
.lintr

View File

@@ -1,3 +1,27 @@
### 0.18.2 - 0.18.3 (2026-06-18)
##### features
- возможность отражение лога действий по базам (для администраторов) и отдельно для каждой записи (сгруппированы по уникальным действиям)
- возможность экспорта таблицы со списком значений не прошедшие валидацию согласно схеме (для администраторов)
##### refactor
- перестройка структуры репозитория
### 0.18.1 (2026-06-08)
##### fix
- правильный экспорт текстовых данных
### 0.18.0 (2026-06-06)
##### features
- возможность отрганичить доступ к базам данных для отдельных пользователей
### 0.17.0 (2026-04-24)
##### features
- модуль с задачами: для каждой записи в базе можно создать задачи, на главном экране отображается общее количество активных задач, по сроку выполнения на сегодня и просроченные задачи;
- проверка на наличие орфанных записей в базе (сверка существующих ключей из главной таблицы `main` с каждой вложенной таблицей)
##### changes
- определение активных схем - теперь в файле `config.yml`
### 0.16.0 (2026-04-21)
##### features
- возможность импорта данных в базу данных из ранее экспортированных .xlsx таблиц;

View File

@@ -1,6 +1,6 @@
options(box.path = here::here())
box::use(
modules/utils,
R/modules/utils,
)
#' @export

129
R/app/logs.R Normal file
View File

@@ -0,0 +1,129 @@
box::use(
shiny[...],
bslib[...]
)
options(box.path = here::here())
box::use(
R/modules/db,
R/modules/utils,
R/app/forms
)
#' @export
server <- function(id, values, scheme, mhcs) {
ns <- NS(id)
moduleServer(id, function(input, output, session) {
# отображение DT-таблицы со списком последних действий
observeEvent(input$show_last_actions, {
con <- db$make_db_connection(scheme(),"show_last_actions")
on.exit(db$close_db_connection(con, "show_last_actions"), add = TRUE)
log_df <- DBI::dbReadTable(con, "log")
# новые записи вначале, формат даты с временем
log_df <- log_df |>
dplyr::arrange(dplyr::desc(date)) |>
dplyr::mutate(date = format(as.POSIXct(date), "%d.%m.%Y %H:%M"))
output$dt_logs <- DT::renderDataTable(
DT::datatable(
log_df,
# caption = 'Table 1: This is a simple caption for the table.',
rownames = FALSE,
colnames = logs_colnames,
extensions = c('KeyTable', "FixedColumns"),
# editable = 'cell',
class = 'cell-border stripe',
selection = "single",
options = list(
# dom = 'tipf',
scrollX = TRUE,
fixedColumns = list(leftColumns = 1),
keys = TRUE,
autoWidth = TRUE,
columnDefs = list(
list(width = "150px", targets = c(0,6)),
list(width = "110px", targets = c(1:4))
)
)
)
)
showModal(modalDialog(
DT::dataTableOutput(ns("dt_logs")),
size = "xl",
# footer = tagList(
# actionButton("nested_form_dt_save", "сохранить изменения")
# ),
easyClose = TRUE
))
})
# observe({
# print(input$dt_logs_rows_selected)
# })
output$display_log <- renderUI({
req(values$main_key)
# получение логов
con <- db$make_db_connection(scheme(),"display_log")
on.exit(db$close_db_connection(con, "display_log"), add = TRUE)
query <- sprintf("SELECT * FROM \"log\" WHERE key = '%s'", values$main_key)
log_df_for_id <- DBI::dbGetQuery(con, query)
if (nrow(log_df_for_id) > 0) {
lines <- log_df_for_id |>
dplyr::mutate(
date = as.POSIXct(date),
date = date + lubridate::hours(3), # fix datetime
date_day = as.Date(date)
) |>
dplyr::mutate(cons_actions = dplyr::consecutive_id(action, user)) |>
dplyr::mutate(n_actions = dplyr::row_number(), .by = c(cons_actions, user, action, date_day)) |>
dplyr::slice(which.max(n_actions), .by = c(user, action, date_day)) |>
dplyr::arrange(date) |>
dplyr::mutate(string_to_print = sprintf(
"<b>[%s %s]</b> %s: %s (%s)",
format(date, "%d.%m.%y"),
format(date, "%H:%M"),
user,
action,
n_actions
)) |>
dplyr::pull(string_to_print) |>
paste(collapse = "</br>")
} else {
lines <- ""
}
div(
strong("Последние действия:"),
br(),
HTML(lines),
style = "font-size:10px;"
)
})
})
}
logs_colnames <- c(
"время" = "date",
"пользователь" = "user",
"приложение" = "app_id",
"версия" = "app_ver",
"ip" = "remote_addr",
"ID записи" = "key",
"действие" = "action"
)

View File

@@ -1,4 +1,3 @@
box::use(
shiny[...],
bslib[...]
@@ -6,9 +5,9 @@ box::use(
options(box.path = here::here())
box::use(
modules/db,
modules/utils,
app/forms
R/modules/db,
R/modules/utils,
R/app/forms
)
#' @export
@@ -50,7 +49,7 @@ server <- function(id, values, scheme, mhcs) {
if (!is.null(values$tasks_data)) {
tasks_selector <- values$tasks_data |>
dplyr::filter(task_status != "completed") |>
dplyr::filter(task_status == "active") |>
dplyr::pull(task_id)
tasks_selector <- unique(c(values$tasks_id, tasks_selector))
@@ -117,11 +116,15 @@ server <- function(id, values, scheme, mhcs) {
on.exit(db$close_db_connection(con, "display_task_modal"), add = TRUE)
values$tasks_data <- if ("tasks" %in% DBI::dbListTables(con)) {
DBI::dbGetQuery(con, glue::glue("SELECT * FROM tasks WHERE task_main_key = '{values$main_key}'")) |>
dplyr::mutate(dplyr::across(c("task_datetime_created", "task_datetime_last_updated", "task_datetime_completed"), as.POSIXct)) |>
dplyr::mutate(dplyr::across(c("task_due_date"), as.Date))
} else {
NULL
}
values$tasks_id <- NULL
@@ -159,6 +162,11 @@ server <- function(id, values, scheme, mhcs) {
con <- db$make_db_connection(scheme(),"tasks_saving_button")
on.exit(db$close_db_connection(con, "tasks_saving_button"), add = TRUE)
if (!values$main_key %in% db$get_keys_from_table("main", mhcs(), con)) {
showNotification("Невозможно создать задачу для данного ID (нет в базе)", type = "error")
return()
}
id_and_types_list <- mhcs()$get_id_type_list("tasks")
input_types <- unname(id_and_types_list)
input_ids <- names(id_and_types_list)
@@ -353,7 +361,8 @@ server <- function(id, values, scheme, mhcs) {
display_tasks_dt_review <- function() {
values$tasks_data <- values$tasks_data |>
dplyr::select(task_id:task_datetime_last_updated)
dplyr::select(task_id:task_datetime_last_updated) |>
dplyr::arrange(task_due_date)
rename_cols <- tasks_colnames[tasks_colnames %in% colnames(values$tasks_data)]
@@ -368,6 +377,7 @@ server <- function(id, values, scheme, mhcs) {
colnames = rename_cols,
extensions = c("FixedColumns"),
# editable = 'cell',
class = 'cell-border stripe',
selection = "single",
options = list(
dom = 'tip',
@@ -426,13 +436,11 @@ update_task_button_count <- function(con, values, ns) {
inputID <- "display_task_modal"
if (!missing(ns)) inputID <- ns(inputID)
# если ключ не определен - выход из функции
if (is.null(values$main_key)) {
updateActionButton(inputId = inputID, label = "Задачи")
return()
}
# при наличии таблицы - полу

249
R/modules/data_validation.R Normal file
View File

@@ -0,0 +1,249 @@
options(box.path = here::here())
box::use(
R/modules/data_manipulations[is_this_empty_value]
)
#' @export
init_val = function(scheme, ns) {
iv <- shinyvalidate::InputValidator$new()
# если передана функция с пространством имен, то происходит модификация id
if (!missing(ns)) {
scheme <- scheme |>
dplyr::mutate(form_id = ns(form_id))
}
# формируем список id - тип
inputs_simple_list <- scheme |>
dplyr::filter(!form_type %in% c("nested_forms", "description", "description_header")) |>
dplyr::distinct(form_id, form_type) |>
tibble::deframe()
# add rules to all inputs
purrr::walk(
.x = names(inputs_simple_list),
.f = \(x_input_id) {
form_type <- inputs_simple_list[[x_input_id]]
choices <- dplyr::filter(scheme, form_id == {{x_input_id}}) |>
dplyr::pull(choices)
val_required <- dplyr::filter(scheme, form_id == {{x_input_id}}) |>
dplyr::distinct(required) |>
dplyr::pull(required)
# for `number` type: if in `choices` column has values then parsing them to range validation
# value `0; 250` -> transform to rule validation value from 0 to 250
if (form_type == "number") {
iv$add_rule(x_input_id, val_is_a_number)
# проверка на соответствие диапазону значений
if (!is.na(choices)) {
# разделить на несколько елементов
ranges <- as.integer(stringr::str_split_1(choices, "; "))
# проверка на кол-во значений
if (length(ranges) > 3) {
warning("Количество переданных элементов'", x_input_id, "' > 2")
} else {
iv$add_rule(x_input_id, val_number_within_a_range, ranges = ranges)
}
}
}
if (form_type %in% c("select_multiple", "select_one", "radio", "checkbox")) {
iv$add_rule(x_input_id, val_choice_within_a_dict, choices = choices)
}
# if in `required` column value is `1` apply standart validation
if (!is.na(val_required) && val_required == 1) {
iv$add_rule(x_input_id, shinyvalidate::sv_required(message = "Необходимо заполнить."))
}
}
)
iv
}
# работа с числовыми значениями ------------------
## проверка является ли значение числом ----------
val_is_a_number = function(x) {
# exit if empty
if (is_this_empty_value(x)) return(NULL)
# хак для пропуска значений
if (x == "NA") return(NULL)
# check for numeric
# if (grepl("^[-]?(\\d*\\,\\d+|\\d+\\,\\d*|\\d+)$", x)) NULL else "Значение должно быть числом."
if (grepl("^[+-]?\\d*[\\.|\\,]?\\d+$", x)) NULL else "Значение должно быть числом."
}
## находится ли число в заданном диапазоне значений -------
val_number_within_a_range = function(x, ranges) {
# exit if empty
if (is_this_empty_value(x)) return(NULL)
if (x == "NA") return(NULL)
# замена разделителя десятичных цифр
x <- stringr::str_replace(x, ",", ".")
# check for currect value
if (dplyr::between(as.double(x), ranges[1], ranges[2])) {
NULL
} else {
glue::glue("Значение должно быть между {ranges[1]} и {ranges[2]}.")
}
}
# списки ---------------------------------------------------------
## являются ли выбранные значения допустимы (согласно файлу схемы)
val_choice_within_a_dict = function(x, choices) {
if (length(x) == 1) {
if (is_this_empty_value(x)) return(NULL)
}
# проверка на соответствие вариантов схеме ---------
compare_to_dict <- (x %in% choices)
if (!all(compare_to_dict)) {
text <- paste0("'",x[!compare_to_dict],"'", collapse = ", ")
glue::glue("варианты, не соответствующие схеме: {text}")
}
}
# ЭКСПОРТ ДАННЫХ ДЛЯ ВАЛИДАЦИИ
#' @export
validate_value_for_form <- function(data_to_check, form_type, choices, val_required) {
res <- NULL
# for `number` type: if in `choices` column has values then parsing them to range validation
# value `0; 250` -> transform to rule validation value from 0 to 250
if (form_type == "number") {
res <- val_is_a_number(data_to_check)
if(!is.null(res)) return(res)
# проверка на соответствие диапазону значений
if (!is.na(choices)) {
# разделить на несколько елементов
ranges <- as.integer(stringr::str_split_1(choices, "; "))
# проверка на кол-во значений
if (length(ranges) > 3) {
warning("Количество переданных элементов'", x_input_id, "' > 2")
} else {
res <- val_number_within_a_range(data_to_check, ranges = ranges)
if (!is.null(res)) return(res)
}
}
}
if (form_type %in% c("select_multiple", "select_one", "radio", "checkbox")) {
if (!is_this_empty_value(data_to_check)) {
split_data <- stringr::str_split_1(data_to_check, "; ")
} else {
split_data <- NA
}
res <- val_choice_within_a_dict(split_data, choices = choices)
if(!is.null(res)) return(res)
}
# if in `required` column value is `1` apply standart validation
if (!is.na(val_required) && val_required == 1) {
if (is_this_empty_value(data_to_check)) {
res <- "Необходимо заполнить."
if(!is.null(res)) return(res)
}
}
if(is.null(res)) return(NA)
}
#' @export
get_table_with_data_validation_info <- function(schm, con) {
# итерациям по всем таблицам
purrr::map(
purrr::set_names(schm$all_tables_names),
.f = \(table_name) {
scheme <- schm$get_scheme(table_name)
data <- DBI::dbReadTable(con, table_name)
inputs_simple_list <- schm$get_id_type_list(table_name)
main_key <- schm$get_main_key_id
key <- schm$get_key_id(table_name)
# итерация по всем form_id в текущей таблице
ff <- purrr::map2(
.x = names(inputs_simple_list),
.y = unname(inputs_simple_list),
.f = \(x_input_id, y_form_type) {
this_id_scheme <- dplyr::filter(scheme, form_id == {{x_input_id}})
choices <- this_id_scheme$choices
val_required <- unique(this_id_scheme$required)
# extract data
data_to_check <- data[[x_input_id]]
main_keys <- data[[main_key]]
keys <- data[[key]]
iter <- purrr::set_names(data_to_check, keys)
# cli::cli_inform("~ input_id: {x_input_id} | type: {form_type} | value: {data_to_check}")
validation_info <- purrr::map(iter, validate_value_for_form, y_form_type, choices, val_required)
df_with_result_and_validation_for_id <- tibble::enframe(validation_info, name = key, value = "value") |>
tidyr::unnest(cols = c(value))
# если главный ключ и ключ для таблицы не одно и тоже, добавление главного ключа в таблицу
if (main_key != key) {
df_with_result_and_validation_for_id[main_key] <- main_keys
}
df_with_result_and_validation_for_id |>
dplyr::mutate(form_id = x_input_id)
}) |>
purrr::list_rbind()
ff |>
dplyr::distinct() |>
dplyr::filter(!is.na(value)) |>
# данные схемы для 'читабельности информации'
dplyr::left_join(
y = scheme |> dplyr::distinct(form_id, form_label) |> dplyr::mutate(nr = dplyr::row_number()),
by = dplyr::join_by(form_id),
) |>
# сортировка (main_key, затем id формы - по порядку в схеме)
dplyr::arrange(!!rlang::sym(main_key), !!rlang::sym(main_key), nr) |>
dplyr::select(
!!rlang::sym(main_key), !!rlang::sym(main_key),
form_id,
form_label,
value
)
}
)
}

View File

@@ -10,6 +10,7 @@ make_db_connection = function(scheme, where = "") {
scheme,
ext = "sqlite"
))
}
#' @export
@@ -102,7 +103,7 @@ get_dummy_data = function(type) {
get_dummy_df = function(forms_id_type_list) {
options(box.path = here::here())
box::use(modules/utils)
box::use(R/modules/utils)
purrr::map(
.x = forms_id_type_list,
@@ -135,7 +136,7 @@ compare_existing_table_with_schema = function(
}
options(box.path = here::here())
box::use(modules/utils)
box::use(R/modules/utils)
# checking if db structure in form compatible with alrady writed data (in case on changig form)
if (identical(colnames(DBI::dbReadTable(con, table_name)), all_ids_from_schema)) {
@@ -200,7 +201,8 @@ write_df_to_db = function(
date_columns <- subset(scheme, form_type == "date", form_id, drop = TRUE)
number_columns <- subset(scheme, form_type == "number", form_id, drop = TRUE)
other_cols <- which(colnames(df) %in% c(date_columns, number_columns))
# other_cols <- which(colnames(df) %in% c(date_columns, number_columns))
other_cols <- colnames(df)[!(colnames(df) %in% c(date_columns, number_columns))]
df <- df |>
dplyr::mutate(
@@ -208,7 +210,7 @@ write_df_to_db = function(
dplyr::across(tidyselect::all_of({{date_columns}}), \(x) purrr::map_chr(x, excel_to_db_dates_converter)),
# числа - к единому формату десятичных значений
dplyr::across(tidyselect::all_of({{number_columns}}), ~ gsub("\\.", "," , .x)),
dplyr::across(tidyselect::all_of({{other_cols}}), as.character),
dplyr::across(tidyselect::all_of({{other_cols}}), \(x) dplyr::if_else(x == "", as.character(NA), as.character(x)))
)
if (table_name == "main") {
@@ -394,8 +396,8 @@ local_db_backup <- function(
file.remove(utils::tail(existed_files, length(existed_files) - backups_limit))
}
# если количество существующих бэкапов равно имеющемуся и пора делать бэкап - делаем бэкап, удаляем послендий файл
if (dates[1] + schedule_days == Sys.Date()) {
# если количество существующих бэкапов равно имеющемуся и пора делать бэкап - делаем бэкап
if (dates[1] + schedule_days <= Sys.Date()) {
file.copy(db_full_path, todays_backup)
cli::cli_alert_success("создан {schedule_name}-бэкап для '{db_name}'")

View File

@@ -1,57 +1,73 @@
#' @export
#' @description костыли для упрощения работы себе
set_global_options = function(
SYMBOL_DELIM = "; ",
APP.DEBUG = FALSE,
shiny.host = "127.0.0.1",
shiny.port = 1338,
...
) {
config_params_to_check <- c(
"form_app_version",
"form_app_configure_path",
"form_auth_enabled",
"form_id",
"form_name"
)
expected_params_in_config <- config_params_to_check %in% names(config::get())
if (!all(expected_params_in_config)) {
cli::cli_abort(c("ну так не пойдет:", paste("-", config_params_to_check[!expected_params_in_config])))
}
options(
SYMBOL_DELIM = SYMBOL_DELIM,
# form.db_path = config::get("form_db_path"),
APP.DEBUG = APP.DEBUG,
# APP.FILE_DB = APP.FILE_DB,
shiny.host = shiny.host,
shiny.port = shiny.port,
...
)
}
# global vars ------------------------------------
#' @export
AUTH_ENABLED <- config::get("form_auth_enabled")
#' @export
#' TODO: нормальный разворот
ENABLED_SCHEMES <- unlist(config::get()$form_schemes)
ENABLED_SCHEMES <- stats::setNames(names(ENABLED_SCHEMES), ENABLED_SCHEMES)
# -------------------------------------------------
#' @export
check_and_init_scheme = function() {
cli::cli_inform(c("*" = "проверка файла конфигурации..."))
config_params_to_check <- c(
"form_app_version",
"form_id",
"form_name",
"form_app_configure_path",
"form_auth_enabled",
"form_schemes"
)
expected_params_in_config <- config_params_to_check %in% names(config::get())
if (!all(expected_params_in_config)) {
cli::cli_abort(c(
"Необходимо добавить в файл конфига {.file config.yml} следующие параметры:",
paste0(config_params_to_check[!expected_params_in_config], ":")
))
}
# -------------------
cli::cli_inform(c("*" = "проверка схемы..."))
options(box.path = here::here())
box::use(modules/db[local_db_backup])
box::use(
R/modules/db[local_db_backup]
)
# список файлов, изменение которых, приведут к переинициализиации схемы
files_to_watch <- c(
"config.yml",
"modules/scheme_generator.R",
"modules/utils.R"
"config/config.yml",
"R/modules/scheme_generator.R",
"R/modules/utils.R"
)
# проверка существования отслеживаемых файлов
if (!all(file.exists(files_to_watch))) {
cli::cli_abort("проверка схем: {files_to_watch[!file.exists(files_to_watch)]} is not exists")
}
scheme_names <- names(config::get()$form_schemes)
scheme_file <- paste0(config::get("form_app_configure_path"), "/configs/schemas/", scheme_names, ".xlsx")
scheme_file <- paste0(config::get("form_app_configure_path"), "/schemas/", scheme_names, ".xlsx")
scheme_file <- stats::setNames(scheme_file, scheme_names)
if (!all(file.exists(scheme_file))) {
@@ -60,13 +76,14 @@ check_and_init_scheme = function() {
db_files <- paste0(config::get("form_app_configure_path"), "/db/", scheme_names, ".sqlite")
if (!dir.exists("temp")) dir.create("temp")
hash_file <- "temp/schema_hash.rds"
#
exist_hash <- tools::md5sum(c(scheme_file, files_to_watch))
# если первый запуск (нет файла с кешем) инициализация схемы
if (!file.exists(hash_file) | !file.exists("scheme.rds") | !all(file.exists(db_files))) {
if (!file.exists(hash_file) | !file.exists("temp/scheme.rds")) {
init_scheme(scheme_file)
@@ -102,8 +119,8 @@ init_scheme = function(scheme_file) {
options(box.path = here::here())
box::use(
modules/db,
modules/scheme_generator[scheme_R6]
R/modules/db,
R/modules/scheme_generator[scheme_R6]
)
db_path <- fs::path(config::get("form_app_configure_path"), "db")
@@ -146,5 +163,5 @@ init_scheme = function(scheme_file) {
cli::cli_abort(c("В одной или нескольких схемах наименования вложенных форм совпадают:", paste("-", names(tab)[tab > 1])))
}
saveRDS(schms, "scheme.rds")
saveRDS(schms, "temp/scheme.rds")
}

View File

@@ -49,14 +49,14 @@ scheme_R6 <- R6::R6Class(
"task_status", "select_one", "Статус задачи", NA, "deleted",
"task_title", "text", "Название задачи", NA, NA,
"task_description", "text", "Описание задачи", "краткое описание", "3",
"task_due_date", "date", "Дата выполнения задачи", NA, NA,
"task_due_date", "date", "Срок выполнения задачи", NA, NA,
) |>
dplyr::mutate(condition = NA)
# extract main key
private$main_key_id <- self$get_key_id("main")
box::use(modules/utils)
box::use(R/modules/utils)
private$bslib_rendered_ui <- bslib::navset_card_underline(
id = "main",
!!!utils$make_list_of_pages(private$schemes_list[["main"]], private$main_key_id),

View File

@@ -266,7 +266,7 @@ update_forms_with_data = function(
) {
options(box.path = here::here())
box::use(modules/data_manipulations[is_this_empty_value])
box::use(R/modules/data_manipulations[is_this_empty_value])
# print("-----------------")
# cli::cli_inform("form_id: {form_id} | form_type: {form_type}")

View File

@@ -3,17 +3,18 @@
# SETUP AUTH =============================
# Init DB using credentials data
credentials <- data.frame(
user = c("admin", "user"),
password = c("admin", "user"),
user = c("admin", "user", "user2"),
password = c("admin", "user", "user2"),
# password will automatically be hashed
admin = c(TRUE, FALSE),
admin = c(TRUE, FALSE, FALSE),
scheme_access = c(NA, "all", "example_of_scheme"), # NA - none | all - all | string with seperate
stringsAsFactors = FALSE
)
# Init the database
shinymanager::create_db(
credentials_data = credentials,
sqlite_path = "auth.sqlite", # will be created
sqlite_path = "temp/auth.sqlite", # will be created
passphrase = Sys.getenv("AUTH_DB_KEY")
# passphrase = "passphrase_wihtout_keyring"
)

View File

@@ -23,10 +23,11 @@ git clone https://gitea.madelirihs.ru/madeliri/shiny_form.git
Восстановление окружения
```r
renv::activate()
renv::init()
```
# Насторйки
# Настройки
## переменные окружения
@@ -46,7 +47,8 @@ FORM_APP_LOCAL_DB_BACKUP_PATH="path_to_backups"
Проверка осуществляется при каждом запуске приложения, бэкапы создаются раз в день (при первом запуске).
Количество сохраняемых бэкапов:
Количество послдних сохраненных бэкапов:
```
FORM_APP_LOCAL_DB_BACKUP_LIMITS=3
```

349
app.R
View File

@@ -1,81 +1,80 @@
suppressPackageStartupMessages({
library(DBI)
library(tidyr)
library(dplyr)
library(purrr)
library(magrittr)
library(shiny)
library(bslib)
library(shinymanager)
})
# SOURCE FILES ============================
# packages
box::purge_cache()
box::use(
modules/utils,
modules/global_options,
modules/db,
modules/data_validation,
app/forms,
app/tasks
bslib[...],
shiny[...]
)
# modules
box::use(
R/modules/utils,
R/modules/db,
R/modules/data_validation,
R/app/forms,
R/app/tasks,
R/app/logs,
R/modules/data_manipulations[is_this_empty_value]
)
# global settings:
global_options$set_global_options(
# глобальные переменные и проверка/инициация схемы:
box::use(
R/modules/global_options[set_global_options, check_and_init_scheme],
R/modules/global_options[AUTH_ENABLED, ENABLED_SCHEMES],
)
# set global settings:
set_global_options(
shiny.host = "0.0.0.0",
shiny.port = 1338,
APP.DEBUG = FALSE
)
# init:
global_options$check_and_init_scheme()
check_and_init_scheme()
# global vars:
box::use(
modules/global_options[AUTH_ENABLED]
)
enabled_schemes <- unlist(config::get()$form_schemes)
enabled_schemes <- setNames(names(enabled_schemes), enabled_schemes)
# load schemes object:
schms <- readRDS("scheme.rds")
SCHMS <- readRDS("temp/scheme.rds")
# CHECK FOR PANDOC ----------
rmarkdown::find_pandoc(dir = "/opt/homebrew/bin/")
# rmarkdown::find_pandoc(dir = "/opt/homebrew/bin/")
# TODO: dynamic button render depend on pandoc installation
if (!rmarkdown::pandoc_available()) warning("Can't find pandoc!")
# web resources ------
shiny::addResourcePath("www", "www")
# UI =======================
ui <- page_sidebar(
# title = config::get("form_name"),
title = tagList(
h4(config::get("form_name"), style = "margin-top: .5rem"),
popover(
span(
config::get("form_app_version"),
fontawesome::fa("circle-info", a11y = "sem", title = "Settings"),
style = "color: #9c9c9c"),
title = "about",
placement = "left",
tagList(span("здесь пока ничего нет"), br(), span("вот"))
)
),
title = config::get("form_name"),
theme = bs_theme(version = 5, preset = "bootstrap"),
header = tags$head(
tags$link(rel = "icon", href = "www/favicon.ico")
),
sidebar = sidebar(
actionButton("add_new_main_key_button", "Добавить новую запись", icon("plus", lib = "font-awesome")),
actionButton("save_data_button", "Сохранить данные", icon("floppy-disk", lib = "font-awesome")),
actionButton("clean_data_button", "Главная страница", icon("house", lib = "font-awesome")),
actionButton("load_data_button", "Загрузить данные", icon("pencil", lib = "font-awesome")),
downloadButton("downloadDocx", "get .docx (test only)"),
# downloadButton("downloadDocx", "get .docx (test only)"),
uiOutput("status_message"),
textOutput("status_message2"),
uiOutput("display_log"),
actionButton("tasks-display_task_modal", "Задачи: нет активных", icon("list-check")),
uiOutput("logs-display_log"),
position = "left",
open = list(mobile = "always")
open = list(mobile = "always"),
popover(
span(
config::get("form_app_version"),
fontawesome::fa("circle-info", a11y = "sem", title = "Settings"),
style = "color: #9c9c9c; position: fixed; bottom: 5px; left: 5px;"),
title = "about",
placement = "left",
tagList(span("здесь пока ничего нет"), br(), span("вот"))
)
),
as_fill_carrier(uiOutput("main_ui_navset")),
)
# init auth =======================
@@ -112,8 +111,8 @@ server <- function(input, output, session) {
res_auth <- if (AUTH_ENABLED) {
# check_credentials directly on sqlite db
shinymanager::secure_server(
check_credentials = check_credentials(
db = "auth.sqlite",
check_credentials = shinymanager::check_credentials(
db = "temp/auth.sqlite",
passphrase = Sys.getenv("AUTH_DB_KEY")
),
keep_token = TRUE
@@ -122,6 +121,23 @@ server <- function(input, output, session) {
NULL
}
user_access <- function(string) {
if (is_this_empty_value(string)) return(NA)
if (string == "all") return("all")
forms_access <- stringr::str_split_1(string, ", ")
# check if exists
exists <- forms_access %in% ENABLED_SCHEMES
if (!all(exists)) {
cli::cli_warn(c("these forms is not exist:", paste("- ", forms_access[!exists])))
}
# возращаем схемы для которых есть доступ
forms_access[exists]
}
# важные кнопки управления
output$admin_buttons_panel <- renderUI({
@@ -142,11 +158,16 @@ server <- function(input, output, session) {
if (showing_buttons) {
tagList(
br(),
strong("Импорт и экспорт данных для выбранной схемы:"),
verticalLayout(
downloadButton("downloadData", "Экспорт в .xlsx", style = "width: 250px; margin-top: 5px"),
actionButton("button_upload_data_from_xlsx", "импорт!", icon("file-import", lib = "font-awesome"), style = "width: 250px; margin-top: 10px"),
downloadButton("downloadData", "Экспорт базы в .xlsx", style = "width: 250px; margin-top: 5px"),
actionButton("button_upload_data_from_xlsx", "Импорт базы из .xlsx", icon("file-import", lib = "font-awesome"), style = "width: 250px; margin-top: 10px"),
fluid = FALSE
),
strong("Дополнительные опции:"),
verticalLayout(
actionButton("logs-show_last_actions", "Все действия", icon("scroll", lib = "font-awesome"), style = "width: 250px; margin-top: 10px"),
downloadButton("download_data_validation_info", "Некорректно заполненные данные (.xlsx)", icon("scroll", lib = "font-awesome"), style = "width: 250px; margin-top: 10px"),
fluid = FALSE
)
)
@@ -159,23 +180,53 @@ server <- function(input, output, session) {
# Create a reactive values object to store the input data
values <- reactiveValues(
data = NULL,
tasks_data = NULL,
main_key = NULL,
nested_key = NULL,
nested_form_id = NULL,
tasks_id = NULL,
current_user = NULL
data = NULL,
tasks_data = NULL,
main_key = NULL,
nested_key = NULL,
nested_form_id = NULL,
tasks_id = NULL,
current_user = NULL,
user_form_access = ENABLED_SCHEMES
)
scheme <- reactiveVal(enabled_schemes[1]) # наименование выбранной схемы
mhcs <- reactiveVal(schms[[enabled_schemes[1]]]) # объект для выбранной схемы
scheme <- reactiveVal(NULL) # наименование выбранной схемы
mhcs <- reactiveVal(NULL) # объект для выбранной схемы
observers_started <- reactiveVal(NULL)
main_form_is_empty <- reactiveVal(TRUE)
main_form_is_empty <- reactiveVal(NULL)
validator_main <- reactiveVal(NULL)
validator_nested <- reactiveVal(NULL)
# доступ к схемам
observe({
# определение доступа в завимости от условий (включена ли авторизация, и есть ли доступы)
res <- if (AUTH_ENABLED) {
# если администратор - полный доступ, если нет - проверка по полю
ifelse(res_auth$admin, "all", user_access(res_auth$scheme_access))
} else {
# если нет авторизации - полный доступ
"all"
}
if(length(res) == 0) return(NA)
# списки доступных схем
allowed_schemas <- if (is.na(res)) {
NA # нет доступа
} else if (res == "all") {
ENABLED_SCHEMES # все схемы
} else {
ENABLED_SCHEMES[ENABLED_SCHEMES == res] # только указанные
}
# переопределяем переменные
main_form_is_empty(ifelse(is.na(res), "empty", "main_menu"))
values$user_form_access <- allowed_schemas
scheme(values$user_form_access[1])
mhcs(SCHMS[[values$user_form_access[1]]])
})
# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
# reactive ui -------------------------------
# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
@@ -183,15 +234,16 @@ server <- function(input, output, session) {
## reactive ui -----------------------------------
### main screen ------
output$main_ui_navset <- renderUI({
req(main_form_is_empty())
if (main_form_is_empty()) {
if (main_form_is_empty() == "main_menu") {
validator_main(NULL)
div(
h5("Выбрать базу данных для работы:"),
shiny::radioButtons(
"schmes_selector",
label = NULL,
choices = enabled_schemes,
choices = values$user_form_access,
selected = scheme()
),
hr(),
@@ -199,17 +251,23 @@ server <- function(input, output, session) {
hr(),
"Для начала работы нужно создать новую запись или загрузить существующую!",
hr(),
# сво
# загрузка панели для работы с базой данных
uiOutput("admin_buttons_panel")
)
} else {
} else if (main_form_is_empty() == "form") {
# list of rendered panels
validator_main(data_validation$init_val(mhcs()$get_scheme("main")))
validator_main()$enable()
mhcs()$get_main_form_ui
} else if (main_form_is_empty() == "empty") {
div(
h5("Нет доступных баз данных для работы"),
p("Для данного пользователя нет доступа к формам для работы."),
p("Обратитесь к системному администратору.")
)
}
})
@@ -218,7 +276,8 @@ server <- function(input, output, session) {
output$base_data <- renderUI({
if (main_form_is_empty() == TRUE) {
if (main_form_is_empty() == "main_menu") {
con <- db$make_db_connection(scheme(),"base_data")
on.exit(db$close_db_connection(con, "base_data"), add = TRUE)
@@ -231,13 +290,13 @@ server <- function(input, output, session) {
# задачи на сегодня
if ("tasks" %in% DBI::dbListTables(con)) {
tasks_count <- DBI::dbGetQuery(con, glue::glue("SELECT COUNT (task_id) FROM tasks WHERE task_status = 'active'")) |>
tasks_count <- DBI::dbGetQuery(con, glue::glue("SELECT COUNT (task_id) FROM \"tasks\" WHERE task_status = 'active'")) |>
dplyr::pull()
tasks_today_count <- DBI::dbGetQuery(con, glue::glue("SELECT COUNT (task_id) FROM tasks WHERE task_status = 'active' AND task_due_date = {as.integer(Sys.Date())}")) |>
tasks_today_count <- DBI::dbGetQuery(con, glue::glue("SELECT COUNT (task_id) FROM \"tasks\" WHERE task_status = 'active' AND task_due_date = {as.integer(Sys.Date())}")) |>
dplyr::pull()
tasks_overdue_count <- DBI::dbGetQuery(con, glue::glue("SELECT COUNT (task_id) FROM tasks WHERE task_status = 'active' AND task_due_date < {as.integer(Sys.Date())}")) |>
tasks_overdue_count <- DBI::dbGetQuery(con, glue::glue("SELECT COUNT (task_id) FROM \"tasks\" WHERE task_status = 'active' AND task_due_date < {as.integer(Sys.Date())}")) |>
dplyr::pull()
} else {
@@ -265,7 +324,7 @@ server <- function(input, output, session) {
observeEvent(input$schmes_selector, {
scheme(input$schmes_selector)
mhcs(schms[[input$schmes_selector]])
mhcs(SCHMS[[input$schmes_selector]])
})
@@ -311,13 +370,13 @@ server <- function(input, output, session) {
}
)
exported_df <- setNames(exported_values, input_ids) |>
as_tibble()
exported_df <- stats::setNames(exported_values, input_ids) |>
dplyr::as_tibble()
# пайплайн для главной таблицы
if (table_name == "main") {
exported_df <- exported_df |>
mutate(
dplyr::mutate(
!!dplyr::sym(mhcs()$get_main_key_id) := values$main_key,
.before = 1
)
@@ -326,7 +385,7 @@ server <- function(input, output, session) {
# для всех остальных таблицы (вложенные)
if (table_name != "main") {
exported_df <- exported_df |>
mutate(
dplyr::mutate(
!!dplyr::sym(mhcs()$get_main_key_id) := values$main_key,
!!dplyr::sym(nested_key_id) := values$nested_key,
.before = 1
@@ -352,6 +411,7 @@ server <- function(input, output, session) {
## кнопки для каждой вложенной таблицы -------------------------------
observe({
req(scheme())
# проверка инициализированы ли для этой схемы наблюдатели для кнопок вложенных таблиц
is_observer_is_started <- (isolate(scheme()) %in% isolate(observers_started()))
@@ -411,7 +471,7 @@ server <- function(input, output, session) {
# если ключ в формате даты - дать человекочитаемые данные
if (this_nested_form_key_scheme_smoll$form_type == "date") {
kyes_for_this_table <- setNames(
kyes_for_this_table <- stats::setNames(
kyes_for_this_table,
format(as.Date(kyes_for_this_table), "%d.%m.%Y")
)
@@ -497,12 +557,12 @@ server <- function(input, output, session) {
str_cols <- which(col_types$form_type != "date")
values$data <- values$data |>
select(-mhcs()$get_main_key_id) |>
mutate(
dplyr::select(-mhcs()$get_main_key_id) |>
dplyr::mutate(
dplyr::across(tidyselect::all_of({{date_cols}}), as.Date),
dplyr::across(tidyselect::all_of({{str_cols}}), as.character),
) |>
arrange({{key_id}})
dplyr::arrange({{key_id}})
output$dt_nested <- DT::renderDataTable(
DT::datatable(
@@ -646,11 +706,12 @@ server <- function(input, output, session) {
# загрузка данных в формы
forms$load_data_to_form(
df = df,
df = df,
table_name = values$nested_form_id,
mhcs = mhcs,
ns = NS(values$nested_form_id)
mhcs = mhcs,
ns = NS(values$nested_form_id)
)
} else {
utils$clean_forms(values$nested_form_id, mhcs(), NS(values$nested_form_id))
}
@@ -667,7 +728,7 @@ server <- function(input, output, session) {
ui1 <- rlang::exec(
.fn = utils$render_forms,
!!!distinct(scheme_for_key_input, form_id, form_label, form_type),
!!!dplyr::distinct(scheme_for_key_input, form_id, form_label, form_type),
main_scheme = scheme_for_key_input
)
@@ -719,7 +780,7 @@ server <- function(input, output, session) {
need(values$main_key, "⚠️ Необходимо указать id пациента!")
)
span(
strong("Таблица: "), names(enabled_schemes)[enabled_schemes == scheme()],
strong("Таблица: "), names(ENABLED_SCHEMES)[ENABLED_SCHEMES == scheme()],
br(),
strong("ID: "), values$main_key
)
@@ -742,6 +803,7 @@ server <- function(input, output, session) {
## добавить новый главный ключ ------------------------
### modal -------
observeEvent(input$add_new_main_key_button, {
req(main_form_is_empty() != "empty")
# данные для главного ключа
scheme_for_key_input <- mhcs()$get_scheme("main") |>
@@ -750,7 +812,7 @@ server <- function(input, output, session) {
# создать форму для выбора ключа
ui1 <- rlang::exec(
.fn = utils$render_forms,
!!!distinct(scheme_for_key_input, form_id, form_label, form_type),
!!!dplyr::distinct(scheme_for_key_input, form_id, form_label, form_type),
main_scheme = scheme_for_key_input
)
@@ -793,6 +855,8 @@ server <- function(input, output, session) {
## переход на главный акран -----------------------
### show modal -------
observeEvent(input$clean_data_button, {
req(main_form_is_empty() == "form")
showModal(modalDialog(
"Данное действие очистит все заполненные данные. Убедитесь, что нужные данные сохранены.",
title = "Очистить форму?",
@@ -810,7 +874,7 @@ server <- function(input, output, session) {
# rewrite all inputs with empty data
values$main_key <- NULL
utils$clean_forms("main", mhcs())
main_form_is_empty(TRUE)
main_form_is_empty("main_menu")
removeModal()
showNotification("Данные очищены!", type = "warning")
@@ -840,11 +904,12 @@ server <- function(input, output, session) {
## загрузка данных -------------------
### modal with keys -----
observeEvent(input$load_data_button, {
req(main_form_is_empty() != "empty")
con <- db$make_db_connection(scheme(),"load_data_button")
on.exit(db$close_db_connection(con, "load_data_button"))
if (length(dbListTables(con)) != 0 && "main" %in% DBI::dbListTables(con)) {
if (length(DBI::dbListTables(con)) != 0 && "main" %in% DBI::dbListTables(con)) {
# GET DATA files
ids <- db$get_keys_from_table("main", mhcs(), con)
@@ -856,7 +921,7 @@ server <- function(input, output, session) {
choices = ids,
selected = NULL,
options = list(
placeholder = "id пациента",
placeholder = "id",
onInitialize = I('function() { this.setValue(""); }')
)
)
@@ -921,7 +986,7 @@ server <- function(input, output, session) {
}
main_form_is_empty(FALSE)
main_form_is_empty("form")
}
@@ -936,6 +1001,7 @@ server <- function(input, output, session) {
paste0(isolate(scheme()), "_", format(Sys.time(), "%Y%m%d_%H%M%S"), ".xlsx")
},
content = function(file) {
req(main_form_is_empty() != "empty")
con <- db$make_db_connection(isolate(scheme()),"downloadData")
on.exit(db$close_db_connection(con, "downloadData"), add = TRUE)
@@ -953,7 +1019,8 @@ server <- function(input, output, session) {
date_columns <- subset(scheme, form_type == "date", form_id, drop = TRUE)
number_columns <- subset(scheme, form_type == "number", form_id, drop = TRUE)
other_cols <- which(colnames(df) %in% c(date_columns, number_columns))
# other_cols <- which(colnames(df) %in% c(date_columns, number_columns))
other_cols <- colnames(df)[!(colnames(df) %in% c(date_columns, number_columns))]
df <- df |>
dplyr::mutate(
@@ -961,7 +1028,7 @@ server <- function(input, output, session) {
dplyr::across(tidyselect::all_of({{date_columns}}), as.Date),
# числа - к единому формату десятичных значений
dplyr::across(tidyselect::all_of({{number_columns}}), ~ gsub("\\.", "," , .x)),
dplyr::across(tidyselect::all_of({{other_cols}}), as.character)
dplyr::across(tidyselect::all_of({{other_cols}}), \(x) dplyr::if_else(x == "", as.character(NA), as.character(x)))
) |>
# очистка от пустых ключей
dplyr::filter(!is.na(mhcs()$get_main_key_id))
@@ -974,7 +1041,7 @@ server <- function(input, output, session) {
list_of_df[["meta"]] <- dplyr::tribble(
~`Параметр` , ~`Значение`,
"Пользователь" , values$current_user,
"Название базы" , names(enabled_schemes)[enabled_schemes == scheme()],
"Название базы" , names(ENABLED_SCHEMES)[ENABLED_SCHEMES == scheme()],
"id базы" , scheme(),
"id формы" , config::get("form_id"),
"ver формы" , config::get("form_app_version"),
@@ -1005,6 +1072,8 @@ server <- function(input, output, session) {
paste0(values$main_key, "_", format(Sys.time(), "%Y%m%d_%H%M%S"), ".docx")
},
content = function(file) {
req(main_form_is_empty() != "empty")
# prepare YAML sections
empty_vec <- c(
"---",
@@ -1014,7 +1083,6 @@ server <- function(input, output, session) {
"---",
"\n"
)
box::use(modules/data_manipulations[is_this_empty_value])
# iterate by scheme parts
purrr::walk(
@@ -1081,7 +1149,7 @@ server <- function(input, output, session) {
# write vector to temp .Rmd file
writeLines(empty_vec, temp_report, sep = "\n")
# copy template .docx file
file.copy("references/reference.docx", temp_template, overwrite = TRUE)
file.copy("resources/references/reference.docx", temp_template, overwrite = TRUE)
# render file via pandoc
rmarkdown::render(
@@ -1170,7 +1238,8 @@ server <- function(input, output, session) {
date_columns <- subset(scheme, form_type == "date", form_id, drop = TRUE)
number_columns <- subset(scheme, form_type == "number", form_id, drop = TRUE)
other_cols <- which(colnames(df) %in% c(date_columns, number_columns))
# other_cols <- which(colnames(df) %in% c(date_columns, number_columns))
other_cols <- colnames(df)[!(colnames(df) %in% c(date_columns, number_columns))]
# функция для преобразование числовых значений и сохранения "NA"
num_converter <- function(old_col) {
@@ -1188,14 +1257,14 @@ server <- function(input, output, session) {
df <- df |>
dplyr::mutate(
# даты - к единому формату
dplyr::across(tidyselect::all_of({{date_columns}}), \(x) purrr::map_chr(x, db$excel_to_db_dates_converter)),
dplyr::across(tidyselect::all_of({{date_columns}}), \(x) purrr::map_chr(x, db$excel_to_db_dates_converter)),
dplyr::across(tidyselect::all_of({{number_columns}}), num_converter),
dplyr::across(tidyselect::all_of({{other_cols}}), as.character)
dplyr::across(tidyselect::all_of({{other_cols}}), \(x) dplyr::if_else(x == "", as.character(NA), as.character(x)))
) |>
select(all_of(unique(c(main_key_id, scheme$form_id))))
dplyr::select(tidyselect::all_of(unique(c(main_key_id, scheme$form_id))))
df_original <- DBI::dbReadTable(con, table_name) |>
as_tibble()
dplyr::as_tibble()
if (input$upload_data_from_xlsx_owerwrite_all_data == TRUE) {
@@ -1204,15 +1273,24 @@ server <- function(input, output, session) {
} else {
# удаление данных в базе данных по ключам
walk(
.x = unique(df[[main_key_id]]),
.f = \(main_key) {
# purrr::walk(
# .x = unique(df[[main_key_id]]),
# .f = \(main_key) {
if (main_key %in% unique(df_original[[main_key_id]])) {
DBI::dbExecute(con, glue::glue("DELETE FROM {table_name} WHERE {main_key_id} = '{main_key}'"))
}
}
)
# if (main_key %in% unique(df_original[[main_key_id]])) {
# DBI::dbExecute(con, glue::glue("DELETE FROM {table_name} WHERE {main_key_id} = '{main_key}'"))
# }
# }
# )
# TODO
all_existed_keys <- unique(df_original[[main_key_id]])
all_new_keys <- unique(df[[main_key_id]])
keys_to_delete <- all_existed_keys[all_existed_keys %in% all_new_keys]
keys_to_delete <- paste0("'", keys_to_delete, "'", collapse = ", ")
DBI::dbExecute(con, glue::glue("DELETE FROM {table_name} WHERE \"{main_key_id}\" IN ({keys_to_delete})"))
}
@@ -1250,7 +1328,7 @@ server <- function(input, output, session) {
read_df_from_db_all <- function(table_name, con) {
# check if this table exist
if (table_name %in% dbListTables(con)) {
if (table_name %in% DBI::dbListTables(con)) {
# prepare query
query <- glue::glue("
SELECT * FROM {table_name}
@@ -1269,6 +1347,7 @@ server <- function(input, output, session) {
"loading data",
"creating new key",
"exporting data to xlsx",
"export validation dataset",
"importing data from xlsx"
),
key = NA,
@@ -1277,7 +1356,7 @@ server <- function(input, output, session) {
action <- match.arg(action)
action_row <- tibble(
action_row <- dplyr::tibble(
date = Sys.time(),
user = values$current_user,
app_id = config::get("form_id"),
@@ -1293,9 +1372,57 @@ server <- function(input, output, session) {
# TASKS ---------------------------------------
tasks$server("tasks", values, scheme, mhcs)
# SHOW LOGS -----------------------------------
logs$server("logs", values, scheme, mhcs)
# экспорт таблицы с информации о валидации данных -------------------
output$download_data_validation_info <- downloadHandler(
filename = function(){
paste0("dvinfo_", isolate(scheme()), "_", format(Sys.time(), "%Y%m%d_%H%M%S"), ".xlsx")
},
content = function(file) {
req(main_form_is_empty() != "empty")
box::use(
R/modules/data_validation[get_table_with_data_validation_info]
)
con <- db$make_db_connection(isolate(scheme()),"download_data_validation_info")
on.exit(db$close_db_connection(con, "download_data_validation_info"), add = TRUE)
list_of_df <- get_table_with_data_validation_info(mhcs(), con)
# добавить мета информацию
list_of_df[["meta"]] <- dplyr::tribble(
~`Параметр` , ~`Значение`,
"Пользователь" , values$current_user,
"Название базы" , names(ENABLED_SCHEMES)[ENABLED_SCHEMES == scheme()],
"id базы" , scheme(),
"id формы" , config::get("form_id"),
"ver формы" , config::get("form_app_version"),
"Время выгрузки" , format(Sys.time(), "%d.%m.%Y %H:%M:%S"),
)
# set date params
options("openxlsx2.dateFormat" = "dd.mm.yyyy")
cli::cli_alert_success("Данные успешно экспортированы")
showNotification("Данные успешно экспортированы", type = "message")
log_action_to_db("export validation dataset", con = con)
# pass tables to export
openxlsx2::write_xlsx(
purrr::compact(list_of_df),
file,
na.strings = "",
as_table = TRUE,
col_widths = 20
)
}
)
}
app <- shiny::shinyApp(ui = ui, server = server)
app <- shinyApp(ui = ui, server = server)
runApp(app, launch.browser = TRUE)
shiny::runApp(app, launch.browser = TRUE)

View File

@@ -1,20 +0,0 @@
default:
form_app_version: 0.16.0
form_id: new_formy
form_name: NEW FORMY
prod:
form_app_configure_path: "."
form_auth_enabled: false
form_schemes:
example_of_scheme: Тестовая база данных
main_register: АВЗ и АМИЛОИОДОЗЫ
devel:
form_app_configure_path: _devel/new_bases
form_auth_enabled: false
form_app_version: 0.16.0 dev
form_schemes:
antifib: антифибротическая
d2tra_t: D2TRA_test

10
config/config_example.yml Normal file
View File

@@ -0,0 +1,10 @@
default:
form_app_version: !expr config::get("form_app_version", file = "config/descr.yml")
form_id: !expr config::get("form_id", file = "config/descr.yml")
form_name: !expr config::get("form_name", file = "config/descr.yml")
prod:
form_app_configure_path: "example_scheme"
form_auth_enabled: false
form_schemes:
example_of_scheme: Тестовая база данных

4
config/descr.yml Normal file
View File

@@ -0,0 +1,4 @@
default:
form_app_version: 0.18.3
form_id: formy
form_name: FORMY

View File

@@ -1,117 +0,0 @@
options(box.path = here::here())
box::use(modules/data_manipulations[is_this_empty_value])
#' @export
init_val = function(scheme, ns) {
iv <- shinyvalidate::InputValidator$new()
# если передана функция с пространством имен, то происходит модификация id
if (!missing(ns)) {
scheme <- scheme |>
dplyr::mutate(form_id = ns(form_id))
}
# формируем список id - тип
inputs_simple_list <- scheme |>
dplyr::filter(!form_type %in% c("nested_forms", "description", "description_header")) |>
dplyr::distinct(form_id, form_type) |>
tibble::deframe()
# add rules to all inputs
purrr::walk(
.x = names(inputs_simple_list),
.f = \(x_input_id) {
form_type <- inputs_simple_list[[x_input_id]]
choices <- dplyr::filter(scheme, form_id == {{x_input_id}}) |>
dplyr::pull(choices)
val_required <- dplyr::filter(scheme, form_id == {{x_input_id}}) |>
dplyr::distinct(required) |>
dplyr::pull(required)
# for `number` type: if in `choices` column has values then parsing them to range validation
# value `0; 250` -> transform to rule validation value from 0 to 250
if (form_type == "number") {
iv$add_rule(x_input_id, val_is_a_number)
# проверка на соответствие диапазону значений
if (!is.na(choices)) {
# разделить на несколько елементов
ranges <- as.integer(stringr::str_split_1(choices, "; "))
# проверка на кол-во значений
if (length(ranges) > 3) {
warning("Количество переданных элементов'", x_input_id, "' > 2")
} else {
iv$add_rule(x_input_id, val_number_within_a_range, ranges = ranges)
}
}
}
if (form_type %in% c("select_multiple", "select_one", "radio", "checkbox")) {
iv$add_rule(x_input_id, val_choice_within_a_dict, choices = choices)
}
# if in `required` column value is `1` apply standart validation
if (!is.na(val_required) && val_required == 1) {
iv$add_rule(x_input_id, shinyvalidate::sv_required(message = "Необходимо заполнить."))
}
}
)
iv
}
# работа с числовыми значениями ------------------
## проверка является ли значение числом ----------
val_is_a_number = function(x) {
# exit if empty
if (is_this_empty_value(x)) return(NULL)
# хак для пропуска значений
if (x == "NA") return(NULL)
# check for numeric
# if (grepl("^[-]?(\\d*\\,\\d+|\\d+\\,\\d*|\\d+)$", x)) NULL else "Значение должно быть числом."
if (grepl("^[+-]?\\d*[\\.|\\,]?\\d+$", x)) NULL else "Значение должно быть числом."
}
## находится ли число в заданном диапазоне значений -------
val_number_within_a_range = function(x, ranges) {
# exit if empty
if (is_this_empty_value(x)) return(NULL)
if (x == "NA") return(NULL)
# замена разделителя десятичных цифр
x <- stringr::str_replace(x, ",", ".")
# check for currect value
if (dplyr::between(as.double(x), ranges[1], ranges[2])) {
NULL
} else {
glue::glue("Значение должно быть между {ranges[1]} и {ranges[2]}.")
}
}
# списки ---------------------------------------------------------
## являются ли выбранные значения допустимы (согласно файлу схемы)
val_choice_within_a_dict = function(x, choices) {
if (length(x) == 1) {
if (is_this_empty_value(x)) return(NULL)
}
# проверка на соответствие вариантов схеме ---------
compare_to_dict <- (x %in% choices)
if (!all(compare_to_dict)) {
text <- paste0("'",x[!compare_to_dict],"'", collapse = ", ")
glue::glue("варианты, не соответствующие схеме: {text}")
}
}

View File

@@ -1,6 +1,6 @@
{
"R": {
"Version": "4.3.1",
"Version": "4.3.2",
"Repositories": [
{
"Name": "CRAN",
@@ -717,6 +717,19 @@
],
"Hash": "b8552d117e1b808b09a832f589b79035"
},
"lubridate": {
"Package": "lubridate",
"Version": "1.9.5",
"Source": "Repository",
"Repository": "CRAN",
"Requirements": [
"R",
"generics",
"methods",
"timechange"
],
"Hash": "07061b348d057e8ac86771e0eff36b62"
},
"magrittr": {
"Package": "magrittr",
"Version": "2.0.3",
@@ -1203,6 +1216,17 @@
],
"Hash": "79540e5fcd9e0435af547d885f184fd5"
},
"timechange": {
"Package": "timechange",
"Version": "0.4.0",
"Source": "Repository",
"Repository": "CRAN",
"Requirements": [
"R",
"cpp11"
],
"Hash": "39c40cb1ad47a4cc384a34a22a29463f"
},
"tinytex": {
"Package": "tinytex",
"Version": "0.46",

BIN
www/favicon.ico Normal file

Binary file not shown.

After

Width:  |  Height:  |  Size: 295 KiB